Благодаря удешевлению массового параллельного секвенирования ДНК оно всё чаще используется для анализа немодельных организмов. Многообещающим направлением является анализ транскриптома, то есть совокупности транскриптов, синтезирующихся с активных в данный момент генов организма. Транскриптом заведомо меньше генома, кроме этого его сборка возможна и в отсутствие расшифрованного генома (de novo). Объект наших исследований — динофлагелляты (водные простейшие). Нами описана группа панцирных динофлагеллят, возникшая в ходе недавней радиации. Её представители имеют разную степень толлерантности к солености воды, обитают в Северном Ледовитом и Антарктическом океанах, Антарктических озерах, Балтийском море и в озере Байкал. Две линии из этой группы успешно культивированы при 0, 3 и 30‰ солености, а одна – при 0 и 3‰. Расшифрованные транскриптомы этих восьми культур использовались для решения двух различных, хотя и взаимосвязанных вопросов. Во-первых, проведен филогеномный анализ на основе 792 белков, принадлежащих 11 различным динофлагеллятам. Благодаря этому удалось определить эволюционные связи между интересующими нас линиями: пресноводная Peridinium aciculiferum Lemmermann чётко отделена от двух своих близких родственников из солоноватых вод, хотя последние обитают в разных полушариях. Во-вторых, сравнительный анализ экспрессии генов показывает различия в реагировании данных линий на изменение солености среды. Нашей второй системой являются два вида беспанцирных близкородственных динофлагеллят из Балтийского моря и озера Байкал. Эти виды также имеют разную адаптацию к солёности, и их изучение и сравнение с вышеописанной группой поможет глубже разобраться в процессах видообразования простейших. В целом, транскриптомика — активно развивающееся направление, которое предоставляет большой объем данных для аккуратного изучения.
Работа выполнена в рамках гранта РФФИ # 16-04-01704