Skip to Content

Использование транскриптомов для изучения эволюции динофлагеллят

ID: 2016-09-4353-T-9307
Тезис
Лимнологический институт СО РАН, Иркутск, Россия

Благодаря удешевлению массового параллельного секвенирования ДНК оно всё чаще используется для анализа немодельных организмов. Многообещающим направлением является анализ транскриптома, то есть совокупности транскриптов, синтезирующихся с активных в данный момент генов организма. Транскриптом заведомо меньше генома, кроме этого его сборка возможна и в отсутствие расшифрованного генома (de novo). Объект наших исследований — динофлагелляты (водные простейшие). Нами описана группа панцирных динофлагеллят, возникшая в ходе недавней радиации. Её представители имеют разную степень толлерантности к солености воды, обитают в Северном Ледовитом и Антарктическом океанах, Антарктических озерах, Балтийском море и в озере Байкал. Две линии из этой группы успешно культивированы при 0, 3 и 30‰ солености, а одна – при 0 и 3‰. Расшифрованные транскриптомы этих восьми культур использовались для решения двух различных, хотя и взаимосвязанных вопросов. Во-первых, проведен филогеномный анализ на основе 792 белков, принадлежащих 11 различным динофлагеллятам. Благодаря этому удалось определить эволюционные связи между интересующими нас линиями: пресноводная Peridinium aciculiferum Lemmermann чётко отделена от двух своих близких родственников из солоноватых вод, хотя последние обитают в разных полушариях. Во-вторых, сравнительный анализ экспрессии генов показывает различия в реагировании данных линий на изменение солености среды. Нашей второй системой являются два вида беспанцирных близкородственных динофлагеллят из Балтийского моря и озера Байкал. Эти виды также имеют разную адаптацию к солёности, и их изучение и сравнение с вышеописанной группой поможет глубже разобраться в процессах видообразования простейших. В целом, транскриптомика — активно развивающееся направление, которое предоставляет большой объем данных для аккуратного изучения.

Работа выполнена в рамках гранта РФФИ # 16-04-01704

Ключевые слова

транскриптом, эволюция, адаптация, простейшие, динофлагелляты
0
Ваша оценка: Нет



Оптимальный хостинг для Drupal, Wordpress, Joomla, Битрикс и других CMS, быстрые и надежные сервера, круглосуточная техподдержка Яндекс.Метрика