Анализ генов мтДНК: цитохромоксидазы I (COI) -c 100 по 634 п.н. (всего 535 п.н.) и цитохромоксидазы II (COII) – c 22 по 583 п.н. (всего 561 п.н.), позволил установить, что возникновение фитофилии у личинок хирономид (Diptera) происходило в разных таксономических группах и в разное время.

В подсемействе ортокладиин обрастателями погруженных субстратов являются представители Orthocladius. Среди представителей Cricotopus есть как «обрастатели» (C. trifascia и др.), так и фитофильные виды (C. sylvestris и C. glacialis). Время дивергенции Orthocladius и Cricotopus – около 33-31 млн. л.н. Возникновение хирономид-обрастателей камней и других погруженных субстратов в эволюционной ветви ортокладиин дало начало переходу личинок на водную растительность и массовому образованию видов-обрастателей высшей водной растительности, процветающих в настоящее время.

Stenochironomusgibbus, минирующий древесину, относится к представителям наиболее древних хирономид, он обособился вместе с предковой формой двух подсемейств Chironominae и Orthocladiinae около 130-109 млн.л.н.

Возникновение фитофилии у хирономид трибы Chironomini: Р. sordens около 65-42 млн.л.н., Glyptotendipes, Kiefferulus и Dicrotendipes не ранее 24-21 млн.л.н., Endochironomus albipenis не ранее 11 млн. л.н.; у ортокладиин (Cricotopus) – 33 млн. л.н.

Время дивергенции родов с фитофильными видам и видами-обрастателями, как у хирономин (Dicrotendipes, Glyptotendipes, Kiefferulus), так и у ортокладиин (Orthocladius и Cricotopus) составляет около 28-21 млн.л.н. и совпадает с началом формирования озер эвтрофного типа – 23 млн.л.н.