К настоящему времени хромосомный анализ проведён для 5,6% от списка видов гидробионтов озера Байкал. Тем не менее, наиболее изученные фаунистические группы продемонстрировали многообразие сценариев эволюционных историй кариотипов. Несмотря на богатейший букет видов байкальские разноногие раки (Amphipoda) показали приверженность к одному диплоидному числу (2n=52) и морфологическое сходство хромосомных наборов (Salemaa, Kamaltynov, 1994). Кариотипическая дифференциация обусловленная хромосомными преобразованиями и различиями в филогенетических корнях привела к возникновению группы байкальских равноногих раков (Isopoda) из двух родов и шести видов (Натяганова, 2001). Преобразования хромосом, приведшие к внутриродовым различиям кариотипов сопровождали видообразование и у некоторых групп байкальских червей. Так, среди видов родов Geocentrophora de Man, 1876 и Bdellocephala de Man, 1875 (Platthelmintes: Turbellaria) обнаружены различные хромосомные числа и несколько морфологических вариантов кариотипов (Новикова, Тимошкин, 1995). Два вида пиявок из рода Baicalobdella Dogiel, 1957, паразитирующих на разных хозяевах, имеют также разные число и морфологию хромосом (Kaygorodova, Natyaganova, 2015). Вместе с тем, у многощетинковых червей (Polychaeta) адаптивная видовая радиация происходила без существенных кариотипических изменений (Ситникова, Побережный, 1996): три вида рода Manayunkia Leidy, 1859 имеют сходные наборы хромосом. Изучение кариотипов личинок хирономид (Insekta, Diptera) показало, что в пределах одного рода (род Sergentia Kiefer – 15 видов) одни видовые группы образовались с участием хромосомных перестроек, другие – без них (Провиз, Провиз, 1999). У байкальских эндемичных моллюсков хромосомные перестройки привели к возникновению более крупных таксономических единиц - новых родов: у изученных видов из девяти родов выявлены четыре диплоидных значения числа хромосом (Побережный, 1989). Работа выполнена при частичной поддержке РФФИ: грант № 15-29-02515.